Investigando un poco encontré una herramienta para hacer esta tarea de forma automática, se trata de GameSave Manager, que se encuentra de forma gratuita en su sitio oficial.
No creo que sea necesario una explicación ya que es bastante sencilla de utilizar. Cuando la utilice me reconoció todos mis juegos excepto uno, solo debemos asegurarnos cuales ha respaldado y cuales no para hacerlo manualmente.
Por otra parte como sabemos Steam guarda nuestros progresos en la nube, pero no todos los juegos tienen soporte, por lo que debemos ver cuales lo tienen para no hacer un respaldo de estos.
En esta captura se muestra como podemos saber que juegos tienen soporte en la nube.